Информация

Какова будет предполагаемая стоимость последовательности?

Какова будет предполагаемая стоимость последовательности?



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Я новичок в мире NGS, но я подумал, что это может быть подходящей и более дешевой альтернативой традиционному секвенированию по Сэнгеру для этого конкретного приложения. Однако я не совсем уверен, как подойти к расчету этой стоимости, поэтому я надеялся связаться и посмотреть, может ли кто-нибудь здесь помочь. Это для моего исследовательского проекта в аспирантуре.

Постановка задачи

Я собираюсь создать рациональную библиотеку из ~ 1000 белковых комплексов, принадлежащих к одному семейству белков. На один комплекс приходится создавать 4 белковых плазмиды, и они должны быть получены путем комбинации методов синтетического геномного клонирования с использованием кДНК и многосайтового направленного мутагенеза на существующих плазмидах. Перед тестированием их функции как комплекса мне нужно убедиться, что шаги клонирования прошли успешно, проверяя последовательность каждой плазмиды.

Я мог бы провести традиционное секвенирование по Сэнгеру для каждой из белковых последовательностей, но, учитывая, что каждый белок имеет длину ~ 2 килобайт, мне потребовалось бы 4 реакции однонаправленного секвенирования на плазмиду, чтобы покрыть CDS. Всего на один белковый комплекс приходится 16 реакций секвенирования. При 5 долларах США за реакцию секвенирования каждый белковый комплекс будет стоить 80 долларов США за секвенирование. При 1000 последовательностях это будет 80 000 долларов США при секвенировании по Сэнгеру.

Я думал о другом - после создания библиотеки, скажем, кусками по 384, отправить их для NGS на Illumina MiSeq.

Запрос о помощи

Учитывая, что:

  • Я не привязан к какому-либо конкретному протоколу NGS,
  • Наша единственная цель - тем или иным способом проверить последовательность клонированных плазмид.
  • 1000 белков - это приблизительное количество белков, последовательность которых необходимо проверить. 4 плазмиды на белковый комплекс.

Какая была бы подходящая стратегия секвенирования, которая могла бы помочь нам снизить затраты на секвенирование ниже 80К?


Большинство подходов NGS должны позволить вам секвенировать все эти плазмиды с очень низкими ценами на основание (подробнее о ценах см. Здесь). Если есть последовательности, общие для всех ваших плазмид, задача их секвенирования будет заключаться в том, чтобы получить адаптеры для каждого образца / плазмиды, чтобы считанные данные можно было сопоставить с правильными плазмидами.


Стоимость секвенирования ДНК упала с 2,7 млрд долларов до 300 менее чем за 20 лет

Когда-то секвенирование генома было невероятно дорогим. Проект «Геном человека» - международная попытка расшифровать геном человека, начатая в 1990 году, - занял 13 лет и, по оценкам, 2,7 миллиарда долларов. Затем, в 2007 году, пионер ДНК Джеймс Уотсон стал первым человеком, которому удалось секвенировать свой геном менее чем за 1 миллион долларов. С тех пор стоимость секвенирования генома снижалась быстрее, чем закон Мура.

Теперь Nebula Genomics, дочернее предприятие Гарвардского университета, соучредителем которого является генетик Джордж Черч, запускает домашний тест на секвенирование генома по цене, меньшей, чем цена последних часов Apple Watch. Сервис Nebula стоимостью 299 долларов обеспечивает считывание всего генетического кода человека.

Секвенирование Nebula - гораздо более полный тест, чем тесты, предлагаемые такими компаниями, как 23andMe и Ancestry, которые используют другую технику, называемую генотипированием. При генотипировании рассматривается только небольшая часть генома. Например, 23andMe за $ 199 сообщает о тестах на здоровье и происхождение нескольких генетических вариантов, связанных примерно с дюжиной состояний здоровья. Секвенирование рассматривает все гены человека и их варианты. Это разница между чтением нескольких страниц и целой книгой.

Секвенирование Nebula - гораздо более полный тест, чем те, которые предлагают такие компании, как 23andMe и AncestryDNA.

В 2016 году базирующаяся в Бостоне Veritas Genetics, также соучредителем которой является Черч, стала первой компанией, преодолевшей разрекламированный порог в 1000 долларов для секвенирования генома. В прошлом году Veritas снизила эту цену до 599 долларов, посчитав ее автоматизацией. Но в конце 2019 года компания внезапно закрыла операции в США после того, что стартап назвал «неожиданной неблагоприятной финансовой ситуацией».

Сегодня Nebula предлагает еще более дешевое секвенирование генома и пробует новую бизнес-модель. Большинство других компаний, занимающихся тестированием ДНК на дому, полагаются на разовую покупку. У клиентов мало причин для продолжения отношений с этими компаниями после того, как они проанализируют результаты своей ДНК. Чтобы люди возвращались, Nebula запускает услугу подписки, которая будет предоставлять еженедельные обновления о новых генетических исследованиях и объяснять пользователям, как эти результаты связаны с их собственной ДНК. Чтобы получить эти дополнительные сведения, клиенты могут платить ежемесячную плату в размере 9,99 долларов США за годовую подписку или 19,99 долларов США за ежемесячную подписку сверх начальных 299 долларов США за секвенирование генома. Клиенты Nebula также получают углубленный анализ происхождения.

«Я думаю, что весь рынок движется в направлении предоставления более всеобъемлющих тестов, которые выходят за рамки предков», - говорит Деннис Гришин, соучредитель и главный научный сотрудник Nebula, имея в виду генетическое тестирование непосредственного потребителя в целом.

Фактически, генеалогическая компания Ancestry придерживается аналогичного подхода. В октябре он объявил о новом скрининговом тесте за 199 долларов, который первоначально будет сообщать о нескольких заболеваниях. Ежегодная абонентская плата в размере 49 долларов дает пользователям обновленную информацию об их генетической информации каждые несколько месяцев. Тест пока недоступен, но Ancestry заявляет, что он будет запущен где-то в 2020 году. В то время, когда увлечение домашним генетическим тестированием приостановилось, эти расширенные услуги могут вызвать новый интерес.

Nebula надеется и дальше выделиться, взяв другой подход к конфиденциальности. Как и другие компании, занимающиеся тестированием ДНК, Nebula делится данными пользователей с партнерами по исследованиям, такими как фармацевтические компании. Но он предлагает клиентам больший контроль над своими генетическими данными, чем обычно. У Ancestry и 23andMe есть два варианта обмена вашими данными для исследования: полное согласие, которое позволяет компаниям делиться вашими обезличенными генетическими данными с любым партнером по исследованию, который хочет их использовать, и возможность вообще не делиться вашими данными. Nebula также предлагает эти варианты, а также третий: пользователи могут выбрать получение отдельного запроса согласия каждый раз, когда партнер по исследованию хочет использовать их данные.

В то время как повальное увлечение домашним генетическим тестированием приостановилось, эти услуги могут вызвать новый интерес.

«Мы стараемся сделать все максимально прозрачным, чтобы люди знали, что происходит с их данными, кто их использует и с какой целью», - говорит Гришин. Nebula использует блокчейн для защиты данных клиентов и предлагает анонимное секвенирование генома.

Еще неизвестно, появится ли массовый рынок для секвенирования всего генома. Джиллиан Хукер, президент Национального общества консультантов по генетике, говорит, что одним из препятствий является то, что многие люди просто не слышали о секвенировании всего генома или скептически относятся к тому, насколько полезными будут результаты для управления их здоровьем. В конце концов, ученые все еще учатся интерпретировать геном, а большинство врачей еще не знают, что делать с результатами тестов на секвенирование всего генома.

«Есть небольшой процент людей, прошедших секвенирование генома, которые узнают что-то, что изменит их здоровье», - говорит Хукер. Например, человек может узнать, что у него есть генетический вариант, повышающий риск рака или сердечных заболеваний, поэтому врач может порекомендовать более частые проверки на эти состояния. По ее словам, сейчас большинство людей не отказываются от полезной информации. Но это, вероятно, изменится по мере развития понимания ученых генетики.

По мере того, как цена становится все более дешевой, секвенирование всего генома может вскоре заменить более ограниченные генетические тесты, которые сегодня доминируют на рынке.


Какова стоимость секвенирования генома человека? (с картинками)

Две группы, связанные с первым секвенированием генома человека, - проект «Геном человека», финансируемый Министерством энергетики США, и частная компания Celera Genomics. Проект генома человека занял 10 лет и обошелся в 3 миллиарда долларов США, в то время как проект секвенирования генома Celera занял два года и стоил всего 300 миллионов долларов США. Оба проекта завершились в 2000 или 2001 годах, в зависимости от того, что считается «полным» секвенированием генома человека.

Эта веха в секвенировании генома человека была чрезвычайно важной, потому что дала нам прямое описание кода, лежащего в основе создания человека, даже если мы понимаем только его небольшие части. Было обнаружено, что количество генов в геноме человека составляет 20 000-25 000, что меньше, чем предполагалось. По мере того, как все больше геномов продолжают секвенироваться, наши знания об их содержании расширяются, а также наша способность с пользой применять эти результаты в персонализированной медицине.

Стоимость секвенирования генов снизилась в геометрической прогрессии с момента секвенирования генома человека в 2000 году. В 2001 году было завершено секвенирование генома Джеймсом Уотсоном, одним из исследователей структуры ДНК, с затратами в 2 миллиона долларов США. В 2008 году первые услуги по полному секвенированию генома были проданы клиентам на коммерческой основе по цене 100 000 долларов США. К марту 2008 года одна компания, Applied Biosystems, завершила секвенирование генома человека за две недели за 60 000 долларов США - лучшую цену на сегодняшний день. Другая компания, Intelligent Bio-systems, разработала систему, которая может секвенировать полный геном человека за 24 часа за 5000 долларов США.

Предложена цена за первое, кто секвенирует 100 геномов человека, по 10 000 долларов США каждый за десять дней или меньше. Приз в размере 10 миллионов долларов, подаренный искателем алмазов Стюардом Блюссоном, будет по-прежнему доступен до крайнего срока 4 октября 2013 года. Многие ученые во всем мире считают весьма вероятным, что приз будет востребован раньше крайнего срока, возможно, значительно раньше.

Если стоимость секвенирования генома упадет ниже 1000 долларов или, что еще лучше, 500 долларов, многие футуристы предсказывают качественные изменения в методах ведения медицины. Если миллионы геномов будут секвенированы и станут общедоступными, то потенциальные знания, которые можно будет получить для науки генетики, будут огромными.

Майкл - давний участник, специализирующийся на темах, касающихся палеонтологии, физики, биологии, астрономии, химии и футуризма. Помимо того, что Майкл является заядлым блоггером, он особенно увлечен исследованиями стволовых клеток, регенеративной медициной и методами продления жизни. Он также работал в Фонде Мафусаила, Институте сингулярности искусственного интеллекта и Фонде спасательной шлюпки.

Майкл - давний участник, специализирующийся на темах, касающихся палеонтологии, физики, биологии, астрономии, химии и футуризма. Помимо того, что Майкл является заядлым блоггером, он особенно увлечен исследованиями стволовых клеток, регенеративной медициной и методами продления жизни. Он также работал в Фонде Мафусаила, Институте сингулярности искусственного интеллекта и Фонде спасательной шлюпки.


Белковые взаимодействия: обзор

Прогнозирование взаимодействия на основе множественного выравнивания последовательностей (MSA)

С ростом популярности секвенаторов ДНК было предпринято множество проектов по геному, и у различных организмов были секвенированы и аннотированы их геномы. Многие геномы в виде их аминокислотных или нуклеотидных последовательностей доступны в нескольких общедоступных базах данных, и GenBank, EMBL и DDBJ являются крупнейшими хранилищами такой информации. В отличие от небольшого количества трехмерных структур, количество последовательностей в общедоступных базах данных чрезвычайно велико, что благоприятствует научному сообществу, которое использует эти последовательности в своих исследованиях, включая прогнозирование взаимодействия. Класс методов использует множественное выравнивание последовательностей (MSA) для прогнозирования взаимодействия белок-белок, и каждый из них основан на биологической предпосылке, которая обычно направлена ​​на определение консервации среди последовательностей организмов с использованием программного обеспечения для выравнивания. Они есть:

Прогнозирование на основе филогенетического профиля (совместная встречаемость): Метод основан на биологической предпосылке, что если два гена остаются консервативными при сравнении нескольких организмов, соответствующий белок, транслируемый с этих генов, будет взаимодействовать. Это предположение становится еще сильнее, когда оба консервативных гена не присутствуют в одном или нескольких сравниваемых организмах, демонстрируя селективное давление, чтобы оба оставались или удалялись вместе из генома. Неопределенность при использовании этого метода заключается в том, чтобы определить, насколько филогенетически далекие должны быть сравниваемые организмы, поэтому выбор близких организмов затрудняет определение того, сохраняются ли белки, потому что они находятся под эволюционным давлением, или просто потому, что не было достаточно времени для расхождения. Чем дальше находятся организмы, тем надежнее будет прогноз, но будет выявлено меньше взаимодействий (Valencia and Pazos, 2002).

Прогнозирование на основе генов соседства: Этот метод является развитием предыдущего, учитывает ту же предпосылку и вызывает те же сомнения, но считает, что гены, помимо того, что они законсервированы, должны быть соседями. Этот метод отдает приоритет выявлению консервации более близких генов с учетом того, что они имеют тенденцию эволюционировать в одинаковые периоды, например, опероны транскрибируются и транслируются в одно и то же время, вероятно, генерируя белковые структуры, взаимодействующие в одной и той же функции или метаболическом пути (Valencia and Pazos, 2002).

Прогнозирование на основе филогенетического дерева (Mirrortree): Метод основан на биологической предпосылке, что если два белка взаимодействуют, они подвергаются одинаковому эволюционному давлению и совместно эволюционируют в организме (Zhou and Jakobsson, 2013). Таким образом, при сравнении одного и того же белка в нескольких организмах соответствующие взаимодействующие белки представят сходное филогенетическое древо, одно отражено в другом, представляя сходную эволюцию в разных организмах. Однако белки, эволюционирующие по-разному, также могут взаимодействовать и игнорироваться этим методом. Чтобы идентифицировать взаимодействие, составляются филогении различных белков, и филогенетические деревья, представляющие сходную топологию, выявляют соответствующие белки, участвующие во взаимодействии (Pellegrini и другие., 1999). Это можно сделать возможным путем преобразования пар филогенетических деревьев в матрицу расстояний и вычисления коэффициента корреляции. Матрицы с высоким коэффициентом корреляции указывают на филогенетическое дерево с аналогичной топологией.

Метод, основанный на слиянии генов: Биологическая предпосылка, лежащая в основе этого метода, заключается в существовании двух генов (ga, gb) в организме с функциональными доменами, гомологичными одному гену в другом филогенетически близком организме (gc), вероятно, белков, кодируемых двумя отдельными генами (pa и pb ) физически взаимодействуют, чтобы играть свою роль, что объясняется эволюционным процессом, который привел к слиянию генов и трансляции одного белка в другой организм (ПК). Гомология между генами может быть идентифицирована посредством выравнивания последовательностей, и это предположение становится еще более сильным, когда каждый воспринимает при множественном выравнивании группу организмов, представляющих два отдельных гена, и другую группу, представляющую слитые гены (Zahiri и другие., 2013 ).


Секвенирование нового поколения

С 2005 года автоматизированные методы секвенирования, используемые лабораториями, находятся под эгидой секвенирования следующего поколения, которое представляет собой группу автоматизированных методов, используемых для быстрого секвенирования ДНК. Эти недорогие автоматизированные секвенаторы могут генерировать последовательности из сотен тысяч или миллионов коротких фрагментов (от 25 до 500 пар оснований) в течение одного дня. Эти секвенсоры используют сложное программное обеспечение для выполнения громоздкого процесса упорядочивания всех фрагментов.


Высокопроизводительное секвенирование клеточной РНК (HiCAR-Seq): рентабельный, высокопроизводительный метод 3 'мРНК-Seq, позволяющий контролировать качество отдельных образцов

Высокопроизводительный скрининг - одна из основ разработки лекарственных препаратов. Беспристрастное профилирование транскриптома в настоящее время широко используется для более глубокого понимания механизмов действия лекарств, нецелевых эффектов и цитотоксичности. Хотя доступные в настоящее время высокопроизводительные методы RNA-Seq (HT RNA-Seq), такие как PLATE-Seq, DRUG-Seq и BRB-Seq, служат этим целям, природа этих методов не позволяет контролировать качество библиотеки секвенирования по образцам. . Здесь мы описываем метод HTR, называемый высокопроизводительным секвенированием РНК CellulAr (HiCAR-Seq). HiCAR-Seq был оптимизирован для работы непосредственно с культивируемыми клетками (всего 1000 клеток) или 10 нг общей РНК. HiCAR-Seq включает обратную транскрипцию из культивируемых клеток или общей РНК с использованием праймеров oligo-dT с последующей амплификацией полноразмерных кДНК с помощью ПЦР с использованием специфичных для образца праймеров со штрих-кодом в отдельных лунках планшета. Амплификацию кДНК из каждого образца можно проверить с помощью биоанализатора. Этот шаг не только выявляет амплификацию кДНК, но также обеспечивает большую точность для объединения равных концентраций кДНК из разных образцов. Единая объединенная библиотека кДНК сделана пригодной для секвенирования на секвенаторах Illumina с использованием набора для мечения. Поскольку HiCAR-Seq нацелен на небольшую область на 3 'мРНК, всего от 3 до 4 миллионов считываний на образец достаточно, чтобы сделать вывод об изменениях в экспрессии генов в клетках человека или мыши. Мы считаем, что HiCAR-Seq представляет собой надежное и конкурентоспособное дополнение к существующему набору высокопроизводительных методов скрининга на основе транскриптомов. © 2020 Wiley Periodicals LLC.

Базовый протокол 1: синтез кДНК и штрих-кодирование / обогащение ПЦР

Базовый протокол 2: Мечение / амплификация, количественная оценка и секвенирование Nextera


Секвенирование ДНК

Секвенирование ДНК - это процесс считывания нуклеотидных оснований в молекуле ДНК. Раскройте геном и ответьте на самые сложные вопросы биологии с помощью наших инновационных и доступных решений для секвенирования.

За более чем 25 лет наши секвенаторы внесли свой вклад в значительные научные открытия, включая секвенирование первого генома человека и открытие генов, связанных с такими заболеваниями, как кистозный фиброз. Наши постоянные инновации в технологиях секвенирования продолжают приводить к новым открытиям.

От секвенирования всего генома до целевого секвенирования определенных участков генома - наше портфолио секвенирования поддерживает широкий диапазон производительности и потребности исследовательских приложений для секвенирования ДНК.


Технологии секвенирования нового поколения

Хотя история секвенирования ДНК и РНК насчитывает пять десятилетий, крупномасштабное массовое параллельное секвенирование или секвенирование следующего поколения (NGS) коммерчески доступно только около 10 лет. Тем не менее стремительный рост производительности секвенирования с помощью NGS резко изменил наше понимание нашего генома и самих себя. Секвенирование первого генома человека в качестве гаплоидного эталона заняло почти 10 лет, но теперь полная диплоидная последовательность генома человека может быть достигнута всего за несколько дней. NGS также снизил стоимость генерации данных о последовательностях, и появилось множество основанных на последовательностях методов для зондирования генома, использующих NGS в качестве считывающих данных и применяемых ко многим видам. Методы NGS также вошли в сферу медицины и будут все шире использоваться в диагностике и лечении. В основе NGS лежит генерация коротких чтений (150 пар оснований), но появились новые платформы, которые теперь способны генерировать длинные многокилометровые чтения. Эти последние платформы обеспечивают независимые от ссылок сборки генома и генерацию гаплотипов дальнего действия. Быстрое секвенирование ДНК и РНК в настоящее время является основным направлением деятельности и будет продолжать оказывать все большее влияние на биологию и медицину.

Copyright © 2019 Cold Spring Harbor Laboratory Press, все права защищены.


Фрагментация и секвенирование РНК (RF-Seq): рентабельное, эффективное по времени и высокопроизводительное создание библиотеки для секвенирования 3'-мРНК в одной пробирке

За последнее десятилетие транскриптомные исследования с использованием секвенирования РНК на основе секвенирования следующего поколения (NGS) (RNA-Seq) в значительной степени способствовали характеристике биохимических и физиологических изменений в клетках и тканях в разных организмах и в экспериментальных условиях. Важнейшие шаги в RNA-Seq включают подготовку библиотеки секвенирования из извлеченной РНК. В настоящее время коммерчески доступно большое количество наборов RNA-Seq. В этих наборах преобразование РНК в библиотеку секвенирования включает несколько этапов, которые являются трудоемкими, а стоимость образца для подготовки библиотеки может ограничивать рутинное использование RNA-Seq. Здесь мы описываем простой метод построения библиотеки RNA-Seq, называемый R NA F ragmentation and Seq uencing (RF-Seq). RF-Seq требует всего 10 нг общей РНК и облегчает секвенирование 3'-конца мРНК. RF-Seq включает фрагментацию общей РНК с последующей обратной транскрипцией в присутствии олигонуклеотида-переключателя праймер / матрица олиго (dT) и штрих-кодирование / обогащение образца в одной пробирке / лунке для ПЦР. Этап штрих-кодирования / обогащения образца обеспечивает большую гибкость при работе с индивидуальными образцами. Использование всего двадцати ортогональных штрих-кодирующих праймеров Illumina TruSeq HT облегчает приготовление 96 уникально меченых библиотек RF-Seq в одном 96-луночном планшете для ПЦР. Двенадцать библиотек RF-Seq можно подготовить в течение 4 часов с приблизительной стоимостью 10 долларов за образец. Мы приводим пример использования RF-Seq для измерения экспрессии генов при активации пути врожденного иммунитета с использованием активатора STING в клетках крови человека, подчеркивая потенциальную полезность предлагаемого метода в рутинных транскриптомных приложениях, таких как высокопроизводительный скрининг лекарств и / или доклинические исследования токсичности. © 2019 by John Wiley & Sons, Inc.

Базовый протокол: Фрагментация и секвенирование РНК (RF-Seq): рентабельное, эффективное по времени и высокопроизводительное создание библиотеки секвенирования 3'-мРНК в одной пробирке


Стенограмма

Саймон Эриксон, ведущий советник Motley Fool Explorer: Всем привет. Я Саймон Эриксон, ведущий советник Motley Fool Explorer, и я здесь на конференции по промышленной биотехнологии в Филадельфии, штат Пенсильвания. Ко мне присоединился Мэтт Макнайт, коммерческий директор Ginkgo Bioworks.

Мэтт, еще раз спасибо, что присоединились ко мне сегодня утром.

Коммерческий директор Ginkgo Bioworks Мэтт Макнайт: Рад быть здесь.

Саймон: Мы говорим о синтетической биологии, это термин, с которым, вероятно, не знакома большая часть нашей аудитории. Что вообще означает синтетическая биология?

Мэтт: На самом высоком уровне это одна из самых удивительных технологий, которые нам еще предстоит задействовать в производстве. Итак, если вы думаете о своем среднем образовании. Вы изучали физику. Кто-то придумал превратить физику в постройку зданий, которые больше не падают.

Вы взяли химию, а кто-то взял химию и сказал, что мы собираемся создать химическую инженерию, и мы собираемся превратить ее в повторяемый процесс.

Сегодня мы находимся на пороге сдачи нашего последнего школьного предмета по дисциплине, биологии, и это - на самом высоком уровне (и все мои коллеги смотрели на меня и говорили: «Это намного сложнее, Мэтт. . ») - но мы на пороге того, чтобы взять биологию и сказать, что это может быть предсказуемая инженерная дисциплина, которую мы можем использовать для производства всего, что нас окружает.

И если подумать, тот факт, что мы не производим все, что нас окружает, когда мир создан биологией, самые большие вещи: леса. Самые маленькие вещи: двигатели со скоростью 30 000 об / мин и размер самого маленького компьютерного чипа - все это сделано биологией. Однако сегодня у нас нет инструментов, с помощью которых мы можем предсказуемо и с высокой вероятностью использовать биологию в качестве инженерного инструмента для человечества.

Итак, что такое синтетическая биология? Это процесс взятия ДНК, которая состоит только из нулей и единиц, как у компьютера, их просто четыре: A, T, C и G. Синтез ДНК и помещение их в клетки, которые являются производственными инструментами. Сообщая этим клеткам, мы хотим, чтобы вы выполнили эти инструкции. Мы хотим, чтобы вы ели сахар, мы хотим, чтобы вы что-то делали и производили продукт. И это синтетическая биология. Именно ДНК мы создаем нашу собственную последовательность нулей и единиц, или A, T, Cs и G. Поместите их в клетки. И скажите этим клеткам, что мы хотим сделать их чем-то, что могут использовать люди. И это самая простая версия, которую я могу вам дать.

Саймон: Итак, с нуля мы проектируем вещи с нуля, создавая действительно крутые продукты, чтобы делать из них изящные вещи.

Мэтт: То, что нам никогда не удавалось делать в истории человеческого контроля над различными частями окружающей нас среды.

Саймон: Одна из таких вещей, мы видели совместное предприятие, которое вы, ребята, только что сформировали в прошлом году с Bayer, под названием Joyn Bio, которое на самом деле используется в сельскохозяйственной отрасли. Не могли бы вы рассказать нам немного о том, на что направлено это совместное предприятие?

Мэтт: Да, я думаю, что важно начать в контексте синтетической биологии: что пытается сделать гинкго?

Итак, мы сказали, что наша миссия. и это миссия, которую мы ставим перед нашей командой каждый месяц, - упростить разработку биологии и удешевить разработку биологии. ОК, что это значит? Что ж, простой факт заключается в том, что мы очень глубоко заботимся об инструментах, которые нужны людям в разных отраслях, чтобы мы могли применять биологию во многих других отраслях.

Итак, вы спрашиваете себя: «Почему биотехнологии стали настолько популярными с 70-х годов?» Это потому, что у биотехнологий достаточно капитала, чтобы делать эти очень рискованные ставки. Если мы сможем принести структура затрат вниз инженерной биологии, создавая базовые инструменты - и я дам вам пример через секунду - мы можем использовать эти инструменты и применить их во многих других отраслях.

Итак, Ginkgo фокусируется на том, как упростить разработку биологии, и мы делаем это двумя способами.

Мы строим литейные цеха, что представляет собой просто процесс изучения лабораторных работ, выделения операций с дискретными единицами, обертывания их программным обеспечением и автоматизации их на роботах, вместо того, чтобы привлекать ученых-докторов наук.

И во-вторых, сбор всех данных, которые проходят наши тесты тех ячеек, о которых я говорил, и возвращение их в процесс проектирования.

Таким образом, наша эффективность, наш общий объем производства вырос более чем в 60 раз за последние три года, в то время как наша численность персонала увеличилась в 7 раз.

Таким образом, мы снижаем стоимость этой чрезвычайно сложной инженерии клеток, и крупные компании, такие как Bayer Cropscience, говорят: «Мы хотим создавать потрясающие новые продукты, как лучше всего это сделать? Мы можем потратить сто миллионов долларов. , или пятьсот миллионов долларов, или миллиард долларов на ученых-ДНК. Или мы можем пойти к Гинкго, и за этот миллиард или эти 500 миллионов долларов мы можем потратить их в 100 раз эффективнее и с гораздо большей вероятностью достичь результата цели."

Итак, что хочет сделать Байер? Я буду говорить от имени Ginkgo, потому что это отдельная компания ...

Саймон: Конечно.

Мэтт: Joyn Bio, отдельная компания, специализируется на разработке микробов для фиксации азота.

Итак, какое там приложение? Сегодня мы используем 4% парниковых газов, создавая азотные удобрения с помощью химического процесса для подкормки кукурузы, пшеницы и риса, наших основных культур. Если бы вы могли воспроизвести бактерии, которые живут, например, на арахисе, которые делают этот процесс естественным образом, и они должны были расти на кукурузе, вы могли бы сократить эти выбросы углерода. Вы можете избавиться от азотных удобрений. Вы можете представить себе размер рынка азотных удобрений.

Саймон: Огромный.

Мэтт: . что мы сможем решить эту проблему вместе с помощью Joyn Bio.

Саймон: Таким образом, помощь пропашным культурам способствует увеличению поглощения азота. Похоже, здесь есть неплохая возможность.

Мэтт: Это одна из тех возможностей Святого Грааля, как мы можем использовать биологию для увеличения количества продуктов питания, которые мы производим для мира, для поддержки растущего населения, чтобы делать это с меньшим ущербом для окружающей среды - это одна из многих прекрасных возможностей. Это один из самых понятных.

Саймон: Теперь, Мэтт, это огромная возможность. Возможно, мы могли бы остановиться прямо здесь. Но я попрошу вас еще больше. Какие еще парочки возможностей помимо сельского хозяйства, над которыми Ginkgo также работает прямо сейчас?

Мэтт: Итак, мы рассматриваем это как фундаментальную трансформацию того, как мир будет производить вещи.

Честно говоря, можно буквально сказать, что почти каждая часть ВВП имеет какую-то часть своей цепочки поставок, на которую должна влиять биология. Таким образом, наш подход состоит в том, чтобы упростить разработку биологии, удешевить разработку биологии, а затем выяснить, как мы можем сотрудничать с великими компаниями в больших областях применения, которые знают, что им необходимо внедрить биологию в свои производственные системы. Они принесли с собой физику, они принесли химию и они знают, что им нужна биология.

Итак, вы можете посмотреть на макро-изменения в окружающей среде и спросить: «Где эти места?» Очевидно, дело в биотопливе, которое было своего рода первой важной дугой этой отрасли. Но теперь вы просто смотрите на прессу: «Как мы собираемся накормить мир белком?» Мы очень заинтересованы в появлении тонны новых продуктов питания, которые будут основаны на биологически обусловленных продуктах. Мы находимся в Industrial Biotech, потому что количество промышленных приложений постоянно растет, в зависимости от того, как вы используете ферменты, и как вы используете биологию во всем спектре. .

Это большие рыночные возможности. Мы чувствуем, что это затронет весь ВВП. Но мы также полностью очарованы властью и, откровенно говоря, каждый день поражены силой биологии, и мы чувствуем, что очень важно уважать эти вещи, поэтому мы очень вовлечены в помощь правительственному сообществу в обеспечении надлежащего регулирование и надлежащая защита того, как все это делается.

Джейсон, наш генеральный директор, только что сделал большое объявление о нашей работе с сообществом национальной безопасности. На самом деле вокруг того, чтобы убедиться, что в этой среде не будет плохой реакции актеров. Самое интересное, что мы большие поклонники Парка Юрского периода.

Саймон: Как и я.

Мэтт: . потому что, когда вы видите Парк Юрского периода, вы видите силу биологии, поэтому на самом деле как свидетельство того, что мы делаем, не обязательно как основной продукт, несколько лет назад наша команда отправилась в Гарвардскую лабораторию ботаники и нашла какой-то вымерший цветок. Вымерший цветок, который жил много-много лет назад, секвенировал ДНК и нашел часть ДНК, которая отвечает за запах.

Мы поместили его в дрожжи, сконструировали эти дрожжи для производства терпена, химического вещества, создающего этот аромат, и сделали из него духи.

Саймон: Любить это.

Мэтт: Итак, у нас есть духи исчезнувших цветов. Это первая ступень Парка Юрского периода. Вот что нас волнует.

Саймон: Что ж, синтетическая биология - это определенно возможность, на которую вы должны следить. И я думаю, что компания Ginkgo Bioworks должна быть на вашем радаре. У нас есть Мэтт Макнайт, коммерческий директор Ginkgo Bioworks.


Смотреть видео: FAPTE SI DREPTURI - CUM SE DEZBATE O MOȘTENIRE? P2 (August 2022).